A Nivel Comunidad. Nuestro trabajo se lleva a cabo mediante equipos multidisciplinarios quienes dirigen sus actividades al fortalecimiento de las capacidades de las comunidades y a la planeación ambiental. Todas nuestras estrategias se diseñan de manera participativa y con base a los valores que la población percibe en la naturaleza, en su cultura y su cotidianidad.
                    Las líneas temáticas que orientan las acciones institucionales, se integran en los programas específicos a nivel comunitario y regional. Con esto buscamos reducir las limitantes al desarrollo sustentable y construir escenarios de conservación y participación social. Estas son:
Educación Ambiental. Un proceso de enseñanza-aprendizaje, donde se reconstruyen las percepciones, opiniones, actitudes y comportamientos de la población en relación a su interacción con el ambiente y los recursos naturales. En este sentido, la educación ambiental es un eje que se inserta en todas las actividades que realizamos con los campesinos, mujeres, jóvenes y niños(as) entodos los Programas de Conservación y Desarrollo.
Agroecología. La ciencia que considera los ecosistemas agrícolas como unidades fundamentales de un ambiente dinámico, donde su uso conciente y manejo creativo pueden garantizar el bienestar de las generaciones futuras. Los programas de Pronatura Chiapas utilizan esta herramienta para el manejo de los recursos naturales desde una perspectiva integral; es decir, que tenga en cuenta los recursos humanos y naturales que definen la estructura de los agroecosistemas: sus factores sociales, étnicos, religiosos, políticos y económicos.
Planeación Ambiental. En el contexto del desarrollo, ésta línea permite visualizar los arreglos de relaciones espaciales entre la sociedad y los recursos naturales, facilita el ordenamiento de los usos del suelo y la administración de los recursos por las comunidades. Pronatura Chiapas incorpora la planeación ambiental como un instrumento para la toma de decisiones sobre el uso de los recursos naturales, la conservación de la biodiversidad y el apoyo al desarrollo de las comunidades a escalas locales, municipales y/o regionales.
Política Ambiental. La inserción de un marco de políticas y programas pœblicos que regulen los servicios ambientales, así como el uso, manejo y restauración de los recursos naturales en el contexto del desarrollo, es fundamental. Pronatura Chiapas colabora con diversas organizaciones para promover la gestión de políticas pœblicas que contribuyan a la conservación de la naturaleza y el desarrollo sustentable; como el Consejo Consultivo Forestal del Estado de Chiapas, el Consejo Civil para la Cafeticultura Sustentable, el Consejo Asesor de la Reserva de la Biosfera El Ocote y el Consejo Consultivo del Instituto de la Mujer, entre otros. La organización participa en la revisión de propuestas legislativas y programas de desarrollo, emitiendo sus opiniones a las autoridades responsables.
Perspectiva de Género. Un análisis crítico de la construcción social de las identidades, roles y participación pœblica de hombres y mujeres y su relación, considerando las diferencias socio-económicas, culturales y generacionales que existen en la población.
Pronatura Chiapas ha integrado la perspectiva de género como una herramienta que cruza todas sus actividades, buscamos facilitar condiciones iguales de oportunidades para hombres y mujeres, ya que creemos que la equidad es también un elemento importante de la sustentabilidad.
Salud Sexual y Reproductiva. Una herramienta que permite empoderar, proteger la salud y orientar a hombres, mujeres y adolescentes en el establecimiento de relaciones más equitativas, lo que se traduce en sustentabilidad social. Al entender a la reproducción humana no como un hecho sino como un proceso, que recorre otros espacios y etapas a lo largo de toda la vida de las personas, plantea la posibilidad de que para lograr una reproducción y sexualidad sanas en determinado momento de la vida, nos refiera a fases previas y posteriores de preparación, acondicionamiento y educación para garantizar la salud física, mental y social.
Alternativas Económicas. Generación de ingresos, mediante iniciativas productivas en las que Pronatura apoya con capacitación, asistencia técnica y financiamiento. Uno de los principales problemas para la conservación de la naturaleza es la presión que ejercen las poblaciones humanas sobre los recursos naturales. En este sentido, en Pronatura Chiapas consideramos que si la gente de la localidad utiliza los recursos naturales en forma redituable pero sostenible hay mayores posibilidades de conservación de la vida silvestre.